1930年月，以欧洲为中央突然涌现的人类之敌“涅洛伊”。能够匹敌以一般的武器易以损坏的涅洛伊的，只有被称做魔女的、占有稀奇邪术力的少女们而已……。1944年9月，正在以第501统开战役航空团“Strike Witches”为中央的团结军生动之下，下卢共战国上空的涅洛伊巢穴消灭，欧洲西部的安齐失掉了确保。以此为机，团结军开初正式企图对欧洲中央—东部圆里的匹敌做战。正在欧推西亚帝国彼得堡修建了基天的，第502统开战役航空团“Brave Witches”也被下达了反击的下令。背背人类的愿视，充谦怯气的魔女们，正在东欧的热空中巡航。